墾丁海域-是台灣海洋生物多樣性最高的區域，如已知魚類達1200種，珊瑚200種以上，此區域在西岸由後灣起到東部的九棚為止，海岸線長，地形底質複雜，又是黑潮洋流北上的首衝位置，故造就了各類不同的海底景觀與生態棲所。墾管處在國家公園海域內已劃設有海域生態保護區，特別景觀區，遊憩區及浮潛區或水肺潛水區等不同的管制區域。前二者已可依法嚴格管制，滿足本計畫需要有保護區作對照的需求，而不需要再重新劃設及立法，以免曠日廢時。

綠島 -位於黑潮北流的通道上，且附近有湧升流存，因此給綠島帶來豐富的海洋生物資源，珊瑚類、魚類、蝦蟹貝類等無論在種類或數量上都相當繁多，同時也充分顯示出熱帶海域資源的特色；至於其他生物如海蛇、海龜、鎚頭鯊等動物亦經常在此出現。

地處熱帶北緣，海水清澈，又有黑潮流經及湧昇流存在，各項優異條件配合，使得綠島四周海域的海洋生物，無論種類或數量皆異常豐富。以珊瑚言，初步調查統計即有29科215種之多。專家則推估實際種數可高達300~350種(張崑雄等，1991) 。以一個面積僅16平方公里的蕞爾小島，其擁有之珊瑚種數居然與世界知名的澳洲大堡礁（Great Barrier Reef ，約400種）相去不遠，實為奇蹟。綠島珊瑚種類僅繁多，覆蓋率，高且具有變化多端的形態、色彩，也有獨特的珊瑚相，於多處海域構成美麗的海底景觀。珊瑚群聚分為兩大類型。第一類型為軟珊瑚優勢群聚，位於綠島燈塔與大白沙間的西邊、西南邊沿海，軟珊瑚佔全部珊瑚覆蓋面積50﹪以,上局部地區甚至可達75﹪。主要種類有傘形軟珊瑚、叢羽軟珊瑚、穗珊瑚等。如此生長繁茂的軟珊瑚群聚，不僅全台少見，即在世上亦不多見，可列為世界級的生態景觀。第二類型為石珊瑚優勢群聚，分布於中寮至朝日溫泉的北岸、東岸。本群聚中石珊瑚通常佔總覆蓋率面積的75﹪以，上軟珊瑚僅零星分布。構成此類群聚的石珊瑚種類繁多，但很少形成單種群集。常見之種類有軸孔珊瑚、微孔珊瑚、管孔珊瑚、叢生棘杯珊瑚、藍珊瑚、千孔珊瑚、扇珊瑚等。